Druhá výzva programu Interreg Stredná Európa bola vyhlásená ako jednokolová. Bola otvorená pre všetky priority programu, t.j. :
V rámci druhej výzvy mohli žiadatelia predkladať projekty v termíne od 24. apríla 2016 do 24. júna 2016. Spolu bolo predložených 210 projektových žiadostí. Monitorovací výbor programu na svojom zasadnutí v Prahe v dňoch 15. -16. marca 2017 definitívne schválil 50 nových projektových žiadostí, v rámci ktorých je zastúpených 23 slovenských projektových partnerov vrátane jedného vedúceho partnera. Na schválené projekty druhej výzvy je vyčlenených cca. 90 mil. eur z ERDF. Zoznam schválených projektov a zoznam slovenských partnerov je v časti „projekty“.